建立健全保管制度是对人事档案进行有效保管的关键。其基本内容大致包括五部分：材料归档制度；检查核对制度；转递制度；保卫保密制度；统计制度。
(1)材料归档制度。新形成的档案材料应及时归档，归档的大体程序是：首先对材料进行鉴别，看其是否符合归档的要求；其次，按照材料的属性、内容，确定其归档的具体位置；再次，在目录上补登材料名称及有关内容；最后，将新材料放入档案。
(2)检查核对制度。检查与核对是保证人事档案完整、安全的重要手段。 检查的内容是多方面的，既包括对人事档案材料本身进行检查，如查看有无霉烂，虫蛀 等，也包括对人事档案保管的环境进行检查，如查看库房门窗是否完好，有无其他存放错误等。 检查核对一般要定期进行。但在下列情况下，也要进行检查核对：突发事件之后，如被盗、遗失或水灾火灾之后：对有些档案发生疑问之后，如不能确定某份材料是否丢失。发现某些损害之后，如发现材料变霉，发现了虫蛀等。
(3)转递制度。转递制度是关于档案转移投递的制度。档案的转递一般是由工作调动等原因引起的，转递的大致程序如下：取出应转走的档案；在档案底账上注销；填写《转递人事档案材料的通知单》；按发文要求包装、密封。 在转递中应遵循保密原则，一般通过机要交通转递，不能交本人自带。另外，收档单位在收到档案，核对无误后，应在回执上签字盖章，及时退回。
(4)保卫保密制度。具体要求如下：对于较大的企业，一般要设专人负责档案的保管，应齐备必要的存档设备。库房备有必要的防火、防潮器材。库房、档案柜保持清洁，不准存放无关物品。任何人不得擅自将人事档案材料带到公共场合。无关人员不得进入库房。严禁吸烟。离开时关灯关窗，锁门。
(5)统计制度。人事档案统计的内容主要有以下几项：人事档案的数量。人事档案材料收集补充情况。档案整理情况。档案保管情况。利用情况。库房设备情况。人事档案工作人员情况。
